La directive Habitats-Faune-Flore et la directive Oiseaux forment l’un des piliers de la législation européenne en matière de protection de la nature en permettant aux États membres de l’Union européenne sous un cadre juridique commun, de protéger les espèces et types d’habitats les plus vulnérables en désignant des zones de protection particulières. Les directives Habitats-Faune-Flore et Oiseaux constituent ainsi le fondement du réseau européen d’aires protégées Natura 2000, créé par l’Union européenne en 1992 à l’occasion du Sommet de Rio (Conférence des Nations Unies sur l’environnement et le développement).
Les aires protégées créées pour la conservation des habitats et des espèces au titre de la directive Habitats-Faune-Flore sont nommées Zones Spéciales de Conservation (représentées en bleu sur la carte ci-dessous). Chaque État membre identifie et propose à la Commission européenne des sites de protection d’importance pour les espèces et habitats listés dans la directive. Des mesures de gestion doivent ensuite être mises en œuvre dans ces zones afin de maintenir ou rétablir les espèces et les habitats dans un bon état de conservation
La directive Habitats-Faune-Flore prévoit également la mise en place d’un système de protection stricte de certaines espèces listées à l’annexe IV, y compris lorsqu’elles sont recensées en dehors des sites Natura 2000. Les États membres sont notamment tenus de prendre les mesures nécessaires pour empêcher leur capture intentionnelle comme accidentelle, la détérioration de leurs sites de reproduction ou de repos, ou encore la perturbation intentionnelle des individus.
Afin de vérifier si l’état de conservation favorable est atteint, les États membres de l’Union européenne présentent tous les six ans à la Commission européenne un rapport sur l’état de conservation des espèces et des habitats d’importance communautaire présents sur leur territoire.
Les pages Natura 2000 en mer et Directive Oiseaux sur le portail du SIMM
La directive Habitats-Faune-Flore sur le portail de la législation de l'Union Européenne EUR-Lex
La page Réseau européen Natura 2000 sur le site du Ministère de la Transition écologique
La fiche Les directives Oiseaux et Habitats–Faune–Flore au service de la nature et des citoyens en Europe sur le site Natura 2000
Les documents de rapportages des directives Oiseaux et Habitats-Faune-Flore sur le site de l'INPN